Tudo começa quando o arquipélago Kark Isles aparece ao lado da terra natal de Ryza, a protagonista. Com receio que seja uma ameaça ao seu lar, Ryza e amigos investigam as ilhas, deparando-se com ruínas e um portão enorme. Ao aproximar-se do portão, a mente de Ryza é invadida por uma voz que lhe diz para alcançar o Code of the Universe. Que segredos guardará aquele portão? E o que será o “Code of the Universe”? Na esperança de salvar a sua terra, Ryza e amigos embarcam numa fantástica aventura que gira em torno de uma Key e das origens da alquimia.
